「B01-048 聖獣オーラフェニックス」が破壊された後で登場したゼクスのパワーも＋2000されますか。

いいえ、されません。パワー＋2000されるのは「B01-048 聖獣オーラフェニックス」が破壊された時にスクエアに置かれていたゼクスだけです。